Le synode de 1882 introduit une décentralisation de l’Église réformée à Paris, avec la création de huit paroisses protestantes réformées, chacune ayant son propre conseil presbytéral, et pouvant ainsi choisir ses propres pasteurs en fonction de la sensibilité de ses paroissiens. L’Oratoire peut enfin devenir libérale comme le souhaitait une majorité de fidèles. Cela accentuera encore le caractère "libéral" ou "progressiste" de l’Oratoire puisque bien des protestants de tous les quartiers de Paris et de la région parisienne choisiront alors de venir à l’Oratoire pour cette sensibilité particulière, ou au contraire choisiront une autre des huit paroisses s’ils tenaient à une expression plus "évangélique" de la foi chrétienne.

Les huit paroisses réformées concordataires parisiennes en 1882

Oratoire du Louvre (1811, issu de Saint-Louis depuis 1791)
Sainte-Marie / Marais (depuis 1802)
Batignolles (depuis 1834)
Pentemont (depuis 1843)
Montparnasse-Plaisance (depuis 1855)
Belleville (depuis 1855)
Passy / Cortambert (depuis 1856)
Saint-Esprit / Roquepine (depuis 1865)

Autres paroisses depuis 1882

Le temple de l'Étoile, construit en 1874 à l'initiative du pasteur Eugène Bersier, évangélique libre — pas libéral — est rattaché à la paroisse de Batignolles en 1882.

D'autres paroisses réformées de l'Église concordataire seront construites dans les années suivantes. En 1898 est construit le temple de Port-Royal. En 1907 est construit le Foyer de l'Âme par le pasteur libéral Charles Wagner. En 1910, la maison fraternelle de la rue Tournefort, dans le quartier latin.

Après 1938, les Églises "libres" de Paris, de tendance évangéliques indépendantes de l'État, rejoignent l'Église réformée de France. Ainsi l'Église de La Rencontre, issue de la Chapelle du nord constituée en 1849, l'Église du Luxembourg, fondée en 1857, et le temple d'Auteuil, reconstruit en 1971.

En 2013, dix Églises luthériennes parisiennes rejoignent l'Église protestante unie de France (EPUdF). La plus ancienne est l'Église des Billettes et son cloître médiéval, donné par Napoléon au Consistoire de la confession d'Augsbourg en 1808. Église de la Rédemption est installée depuis 1843 dans une halle d'octroi construite en 1821. Suivent Résurrection (1866), Trinité (1888), Bon-Secours (1896), Saint-Paul (1897) Saint-Marcel (1908), Ascension (1910), Saint-Jean (1911), et Saint-Pierre (1924).

Il y a également à Paris des Églises protestantes qui ne sont pas membres de notre union. Des Églises réformées étrangères : écossaise ou américaine (65 quai d'Orsay, de 1931). Des Églises luthériennes étrangères : allemande, danoise ou suédoise. Des Églises anglicanes anglaises — Saint-Michael et Saint-Georges — et épiscopalienne américaine (1886). Et des Églises évangéliques baptistes, notamment une Église coréenne dans l'ancienne chapelle Taitbout "libre" de 1840, et une dans la rue de Lille, derrière le musée d'Orsay (1873).