Février 1811 : affectation provisoire de l’église de l’Oratoire au culte réformé
31 mars 1811 : premier culte protestant à l’Oratoire, célébré par le pasteur Marron
1844 août 1844 : affectation définitive de l’église, devenue propriété de la Ville de Paris, au Consistoire réformé

En 1811, l’empereur Napoléon a le projet d’agrandir le Louvre pour le réunir aux Tuileries. Les bâtiments se situant à l’intérieur du périmètre sont voués à la démolition, dont Saint-Louis du Louvre (Les travaux de démolition traîneront pendant quelques années). Les protestants n’ont plus de lieu de réunion. Un courrier du Conseil d’État conservé à la SHPF propose de leur affecter l’église des Théatins arguant que l’église de l’Oratoire pourrait être affecté à la paroisse de Saint-Germain-l’Auxerrois. (Aucune mention retrouvée dans les archives SHPF disant qu’on leur aurait fait choisir entre la Madeleine et l’Oratoire...)

Le préfet de Paris, à l’époque, « le bon M. Frochot », favorable aux protestants, présenta habilement la situation à l’empereur suscitant « de se faire demander s’il n’y avait pas de local disponible », et obtint la permission de les établir à l’Oratoire. On dégage les décors de théâtre de l’Opéra, du Vaudeville et avec plus de lenteur du Théâtre-Français qui y étaient entreposés (il fallut l’intervention très autoritaire du délégué du Consistoire, M. Châtillon que l’on prend pour un commissaire impérial, pour qu’ils s’exécutent, ce qui fut fait entre le 17 février et avril 1811). M. Mallet avança 8000 fr. pour les travaux de déménagement et d’installation, dont il ne fut remboursé qu’en 1813, quand la Ville finit par fournir les fonds promis.

Le premier culte est célébré à l’Oratoire en avril 1811, le jour de Pâques.

Deux événements importants mirent les protestants à l’honneur :

en 1804, cinq mois avant de les inviter à son sacre, Napoléon remet la Légion d’honneur aux trois premiers pasteurs de l’Oratoire - Marron, Mestrezatet Rabaut-Pommier. Il reconnaît ainsi publiquement les protestants. En mémoire de ce geste, lors de la restauration des vitraux en 1814, une croix de la Légion d’Honneur vient orner le vitrail de la façade.
en 1812, les spectaculaires obsèques du Vice-amiral de Winter, enterré au Panthéon, rassembleront les plus hautes personnalités dans l’Oratoire pour un culte d’action de grâce.