1787, édit de Tolérance. Cette année là, la révolution aux Provinces-Unies prive l’Ambassade de Hollande de son chapelain, le pasteur Marron, descendant de huguenots. Il se met alors au service des protestants parisiens, que fréquentaient déjà sa chapelle à l'ambassade, et regroupe peu à peu la communauté protestante.

Les protestants louent d’abord une salle rue Mondétour (rue de Turbigo face à la rue du Cygne) où est célébré le 7 juin 1789 le premier culte public autorisé à Paris, puis une plus grande rue Dauphine (siège de la Société des Enfants d’Apollon). Puis, profitant de sa désaffectation à la Révolution, l'église Saint-Louis du Louvre.

1791-1811 : Les réformés à Saint-Louis du Louvre

Le dimanche de Pâques, 22 mai 1791, le pasteur Marron préside la « première assemblée publique du culte protestant » dans l’église Saint-Louis du Louvre. Une « société de personnes professant la religion protestante » loue l’édifice alors vacant, « presque tout meublé », à la Municipalité, avec autorisation de la Législative. Il est orné de la Déclaration des droits de l’Homme et du Notre Père. La chaire provient de l’église des Capucins de la rue St-Honoré et un orgue est placé sur la tribune de musiciens.

Par un courrier du 28 ventôse an VII (mars 1799), le secrétaire général de la préfecture, M. Frochot met à la disposition du consistoire une partie de la « maison collégiale de St-Louis du Louvre » attenante à l’église rue St-Thomas, donnant également 44 rue des Orties, alors en cours de démolition. Certains bâtiments comportent 4 étages. Le pasteur Marron y habite ainsi que, sans doute, le concierge, le chantre et l’organiste. Un « cimetière des protestants situé derrière l’église St-Louis » est mentionné dans une missive de 1793.

Par arrêté consulaire du 2 décembre 1802, l’église Saint-Louis du Louvre est affectée au consistoire protestant, mais neuf ans plus tard, Napoléon Ier souhaitant joindre au nord le Louvre aux Tuileries et libérer l’espace intérieur ainsi délimité, décide sa démolition.

Le 25 Vendémiaire an 11 (octobre 1802) le consistoire écrit au préfet du département de la Seine, une lettre laissant entendre que Saint-Louis du Louvre devient trop petit :

« Si nous eussions été certains, Citoyen Préfet, que le nombre en question [18000 âmes] non seulement s’élève à ce taux, mais même l’excède de beaucoup, peut-être de moitié, nous nous serions abstenus de former la prétention qui vous a été soumise. Des personnes d’une expérience consommée évaluent peu avant la Révolution le nombre de protestants de Paris au quatorzième de la population, et sans contredit, la Révolution ne l’a pas diminué. Notre pasteur actuel, qui depuis vingt ans est à porté de savoir ce qui en est, nous garantit également, d’après son expérience, la légitimité de notre demande.(...)

Les États de Paris où il y a le plus de Protestants, sont d’abord le Haut commerce de la Banque, ensuite l’horlogerie, la bijouterie, la librairie, le commerce de vin, ( Sancerre fournit des marchans de vin Protestans à beaucoup d’Etablissemens), les manufactures de toilles peintes en grande partie tenues par des Suisses. Le quartier où il se trouve le plus de protestans sont le faubourg St Antoine, plein d’ouvriers allemands qui professent ce culte, les environs du Palais de Justice, les quais des orfèvres, de l’horlogerie, mais surtout la chaussée d’Antin et particulierement la Rue du Mont Blanc ; voyez seulement pour échantillon de cette Rue les maisons Perregaux, Mallet, Dangirard (de la banque Nationale), Mallet-Bontems, Jordan, Geylex, Henry d’Elbing, Julien, André, Mourgues, Tintings, une partie des cointéressés et des employés de la maison Récamier.

Il est notoire d’ailleurs, Citoyen Préfet, que très souvent, même hors des occasions solennelles de fête et de communions, l’Église de St Louis du Louvre se trouve insuffisante pour contenir le nombre d’auditeurs qui se présente et qu’il en faut renvoyer une partie

Enfin, Citoyen Préfet, ne faut-il pas aussi prendre en considération, relativement à notre demande le nombre d’Etrangers, d’Anglais en particulier, qui affluent à Paris (...)

De Nationaux, combien le midi seul, Nîmes, Cette, Marseille, Montpellier, Montauban, versent continuellement de Protestans à Paris qui y font un séjour plus ou moins prolongé! (...). »

Le pasteur Marron officie pendant toute la Révolution, juste emprisonné une nuit sous la terreur. Le directoire est favorable aux protestants. Saint-Louis du Louvre est officiellement affectée au consistoire par arrêté consulaire du 2 décembre 1802. Le Concordat accorde également aux protestants réformés Sainte-Marie et Pentemont.

Pour les luthériens de Paris - dits de la confession d'Augsbourg - ils dépendent à partir de 1802 du Consistoire de Strasbourg. En 1806, le gouvernement interdit aux luthériens français de célébrer leur culte dans les ambassades étrangères. En 1808, un décret impérial instaure le Consistoire luthérien de la Seine, composé de 12 membres, et deux pasteurs, Georges Boissard et Jean-Jacques Goepp. Le 28 juillet 1808, l'empereur Napoléon autorise la Ville de Paris à acquérir l'ensemble des bâtiments de l'église des Billettes, avec son cloître médiéval, pour les affecter au Consistoire luthérien, ce qu'elle fait le 26 novembre 1808 pour la somme de 73 000 francs.