Chapelles latérales
Suivant l’usage, les chapelles de l’Oratoire furent concédées à de riches personnages, souvent puissants à la Cour, afin d’y installer un tombeau pour leur famille. Certains pensaient en effet que plus une personne était enterrée près d’un autel ou d’une relique, plus le salut était prompt et assuré. La foi de ces hauts personnages mais aussi l’émulation entre eux, les ont conduits à réaliser de grands décors faits de sculptures et de peintures exécutées par les plus grands maîtres de l’époque. Chacune des chapelles est voutée en berceau à une lunette au dessus de l’autel, et fermée par de grandes clôtures de bois sculpté. Elles sont par ailleurs desservies par une entrée privée donnant directement sur les couloirs qui courent de chaque côté de l’Oratoire.
Pour se faire une idée de leur richesse, on peut encore observer le beau décor peint et sculpté à la voûte de la première chapelle du transept gauche, décor mis au jour lors de travaux de nettoyage en 1906. Il s’agit de la chapelle de la famille de Harlay.
Mais c’est tout ce qu’il reste des décors du XVIIe et XVIIIe, car l’Oratoire est pillé et saccagé par des révolutionnaires, à commencer par les chapelles et leurs trésors. En 1793, vingt-quatre tableaux furent envoyés au dépôt des Petits-Augustins, chez Alexandre Lenoir, où une première série de cinq était déjà partie en 1792. Les tombeaux des chapelles latérales sont démolis, comme toutes les armoiries, et ornements . Il ne reste que quelques éléments dans la chapelle des Harlay et dans celle du cardinal de Bérulle.
Sur les 12 chapelles latérales, les 8 premières du côté du chœur, pourvues de riches décorations et d’autels, sont attribuées à des familles. Les quatre dernières abritent des confessionnaux et sont donc plus destinées à la pastorale des fidèles.